SSH menggunakan kriptografi kunci publik untuk mengotentikasi komputer remote dan biarkan komputer remote untuk mengotentikasi pengguna, jika perlu. Ada beberapa cara untuk menggunakan SSH; salah satunya adalah dengan menggunakan secara otomatis public-privat key pasangan untuk dengan sederhana mengenkripsi koneksi jaringan, dan kemudian menggunakan otentikasi password untuk login.